Je ne comprend pas bien moi non plus le problème, il me faudrait plus de détails :

si l'image est déjà transparente (gif ou png) et si on veut modifier la couleur de transparence, il suffit d'aller dans le menu Image/Couleur de transparence. On sélectionne avec la pipette la nouvelle couleur de transparence puis on a 2 possibilités : soit on combine les couleurs de transparence, soit on la remplace (options en bas, puis aperçu)

si l'image n'est pas transparente : il est préférable de forcer un mode couleurs indexée avant de choisir la couleur de transparence (si l'image est en mode RGB, jpeg par ex). Ensuite idem, on va dans le menu Image/couleur de transparence.

Si on veux faire une transparence directement avec une image en mode RGB, c'est possible après validation du message d'alerte de PhotoFiltre mais dans ce cas, il y a risque de bug si la couleur de transparence ne fait pas partie des 254 couleurs les plus utilisées (ce qui est peu probable).
Maintenant si le bug a lieu au moment de l'enregistremnt : Tout semble ok à l'écran, on enregistre en gif puis lors de la prochaine ouverture la transparence n'est pas reconnue ==> c'est un bug qu'il me semblait avoir corrigé dans la dernière version 6.02. Dans ce cas, des exemples sont les bien venus pour que je teste
D'autres ont des soucis de transparence aussi ?